Территория Восточного Туркестана до последнего времени не была населена собственно китайцами, на ней жили в основном уйгуры, исповедующие ислам.
Некогда коренное население Синьцзяна создало цивилизацию, оказавшую определённое влияние на Среднюю Азию и Китай. Периодически части территорий Восточного Туркестана и Средней Азии (Западный Туркестан) объединялись в единое государство.
Исламская религиозная борьба между сторонниками «белогорцев» и «черногорцев» (два течения ислама в Восточном Туркестане) создали благоприятные условия для захвата внешними врагами этого края джунгарским ханом Галданом, а затем маньжурской империей (Цинская династия), которая окончательно покорила Восточный Туркестан в 1759 г. Под натиском маньчжурско-китайских войск уйгуры лишились своей государственности. Захваченные земли стали называться Синьцзяном (по-китайски «Новая граница»).
Весь XIX век для Восточного Туркестана характеризуется многочисленными национально-освободительными восстаниями (1825—1828, 1857, Йеттишар 1862—1872 гг), продолжавшимися в первой половине XX века (1931—1933, 1944—1949 гг.)
В настоящее время руководство КНР проводит активную политику, направленную на переселение в этот район китайцев.

Уйгурия